第二次，1940年下半年到1943年春，原迁入上海及原在平、沪的教会学校，因英美与日本关系恶化并爆发太平洋战争，被迫内迁。上海大学与沪江大学从上海租界迁往重庆；燕京大学从北平迁到成都；原迁滇南的中山大学迁往粤北坪石；迁到昆明的上海医学院、北平艺专、统计大学再迁到四川。
西南联合大学
第三次，1944年夏到1945年年初，日军发动豫湘桂战役，原迁豫西的河南大学迁到陕西；原迁广西、云南和贵州的一些高校如唐山土木工程学院、北平铁道管理学院、华侨工商学院等再次内迁到四川。
在三次高校内迁过程中，广大爱国师生在极端困难的条件下，颠沛流离，历尽千辛万苦，表现出了高昂的爱国热情和不畏艰难的精神，为保存祖国的文化与高等教育事业的发展做出了应有的贡献。
在高等学校内迁的同时，为了安顿和救济沦陷区中等学校的流亡师生，国民政府决定设立国立中学。1937年冬，教育部在河南淅川上集设立国立河南临时中学，1938年1月又在贵州铜仁设立国立贵州临时中学。2月，教育部公布《国立中学暂行规定》和《国立中学课程纲要》，规定国立中学一般分中学、师范、职业三部，专门安置战区公私立中学及师范学校男女学生及职业学校学生，课程分精神训练、体格训练、学科训练、生产劳动训练及特殊教学与战时后方服务训练五项。7月，教育部颁布《国立中学规程》，1939年4月，又决定取消国立中学以地名为校名的办法，改为以国校成立先后次序以数字为校名。共设立各种国立中学34所，其中国立中学23所，国立华侨中学3所，国立中山中学2所，国立女子中学2所，以及改办的中学4所。此外还创办了国立商业职业学校及国立师范学校14所。