回到故乡无锡，顾宪成过上了相对轻松的平民生活，但是他始终没有忘记自己作为知识分子背负的家国责任，虽不能居庙堂之高为君王扫清天下事，却也能处江湖之远而先天下之忧而忧，这个不甘沉寂的人在弟弟顾允成以及常州知府欧阳东凤、无锡知县林宰的帮助下，重新修筑了宋代遗址东林书院，成为一个靠讲学为主的先生，与他政见相同的高攀龙、钱一本等都来东林书院讲过学。他们讲学的内容并不仅仅限制在学术讨论和文化研究，更多的是针对现实，讽议朝政，提出自己的政治主张，从前在官任上不能细说的话题，在东林书院可以放开手脚，酣畅淋漓，所以被革职为民的顾宪成虽然离开了钩心斗角的官场，却没有结束他和那里的联系。久而久之，东林书院就吸引来一大帮志同道合的士人学者、富户乡绅，俨然一个中上阶层群英荟萃的政策研究所，虽然参与者身份鱼龙混杂，却有着求同存异的信仰，他们坚信自己是一个呼唤主流正直的群体，是这个时代的救世主，缭乱的人际关系却在朝堂之上体现出默契的一致，在言官吵架的时候划出明显的阵营，他们都是东林书院的忠实学子，他们需要团结争夺自己的权力。
顾宪成在东林书院将学术研究和时政分析开设成了公益课堂，书院开设的目的、理念，正如他自己为书院写下的那副著名的对联：