从陈子龙在明亡后写下的众多怀念家山故国的诗词看，这个具有江湖豪杰气质的青年才俊对大明帝国饱含赤诚。当李自成农民军北伐进抵山西境内时，他曾经与好友夏允彝等人动议过一件规模宏大的事情：他认为既然由南京通往北京的陆路，由于河南和山东均已被农民军阻断，那么或许可以组织船队，由长江进入大海，再由海路抵达天津，进而增援北京。但就在他和夏允彝等人筹划此事时，他被调往东阳镇压许都造反，许都之乱平定后，巨变已经发生，“忽闻神京沦陷，先帝升遐”。
在“饮血崩心，呼号无地”之后，陈子龙离开绍兴前往南京履新，出任兵科给事中。兵科给事中级别虽低，但由于是言官，负责兵部的监察工作，因而也有相当大的权力。陈子龙在这个位置上只干了不到十个月就匆匆辞职，辞职的原因简单而无奈：偌大的南京城，他看不到这个偏安江左的小朝廷前途何在。