各省谘议局第二届常年会大都能吸取第一届会议的经验教训，因而开得更有成效。如贵州谘议局便因事先准备充分而取得了较好的效果，“自治党鉴于往岁之覆车，先期开议案预备会，从事研究，议员亦益明习政事，熟练程序。第二届常会以全力争预算案，于地方经费大有减削。又通过龚文柱改良水手方法案，以法律形式促巡抚公布，舆论翕然称之。”
在第二届常年会上，有不少省份发生了谘议局与地方督抚之间因权力关系的矛盾冲突。据《东方杂志》记载，浙江谘议局因浙路事陈请巡抚增韫代奏收回成命而停议待旨，增韫多次劝告谘议局开议，议员始终不从，坚持要求增韫先行拟电代奏，双方僵持达一个月之久，“增巡抚始允电奏，谘议局亦即于是日续行开会”。江西谘议局因巡抚冯汝骙奏请将统税改征洋码（即银圆），据说每年可增加税收40万两，认为此事关系本省税法问题，而“冯巡抚不先定办法，提交局议，径行入奏，实为侵夺权限，因电资政院照章核办”。湖南谘议局因巡抚杨文鼎举办公债，未经交局议决，而擅自奏准发行，“实为侵权违法，万难承认”，故电请资政院核办。四川谘议局发生官府委员“侵越监督及议长权限”事，导致谘议局“全局愤激，当即照章请总督核办，如不得请，即决意辞职，电院力争”。广东谘议局提出定期禁赌议案，要求两广总督袁树勋在三日内电奏朝廷，宣布广东赌博一律禁绝期限，否则停议力争，甚至全体辞职。袁树勋以尚未确定筹抵赌饷办法为由而表示不便即行电奏，议员当即实行停议，最后迫使袁树勋不得不据情电奏，议员始照常开议。广西谘议局因第一届常年会议决的全省禁烟议案未在限期内达到目标，而巡抚张鸣岐采取延长期限的举措，议员认为是“摧残议案”，因而全体辞职，以示抗议。谘议局与护理巡抚魏景桐均电请资政院解决，资政院电奏朝廷请旨裁夺，结果朝廷谕令广西巡抚仍照上年公布办法妥速办理，并令谘议局迅速召集议员照章议事。云南谘议局因云贵总督李经羲擅自决定增加盐价，每百斤加银一两，认为事关增加税法，照章应交局议决，于是呈请总督收回成命，并立即停议，表示“如不得请，即全体辞职”，后李经羲批答改为每百斤加价五钱，暂行试办，谘议局虽开议，但仍电请资政院核办。福建谘议局因闽浙总督拒不交议预算案之岁入，决定全体罢议。顺直（直隶）谘议局因直隶总督陈夔龙奏请续募公债，曾提出质问书，质问所办公债是作为地方公益之用还是充当行政经费之用，陈夔龙不予理睬。谘议局认为“是直蔑视谘议局应有之权，将来一切议决之案，安望其切实施行？”因此，在第二届常年会闭会之后，又召开临时会，“拟合全省之力，于督部堂争持，如在不允，决令地方上之捐税，一概不纳，以为抵制之计，务使谘议局之权力，不稍损失”。直隶谘议局在临时会上特提出《陈总督侵权违法案》，呈请资政院核办。