由于盛传加入拜上帝会可以免除瘟疫，广西的流民蜂拥入伙。到了1851年，洪秀全、杨秀清等人在广西金田起事反清，并引发了席卷全国的太平军之乱。
在经历1851年至1864年长达13年的太平军之乱后，中国人口再次锐减。根据人口统计，在战乱前的1850年，中国人口约为4.3亿，但到了1874年清廷再次统计人口时，发现当时人口存量仅剩下3.02亿。除去流民四散等无法统计的因素外，历史人口学家预估整个太平军之乱中，中国死亡人口约为7000万人，其中瘟疫则是最大的死亡因素。
经历太平军之乱后，中国的疾病防治水平开始大规模提高。在战乱中亲眼看到了江南地区瘟疫惨状的李鸿章，则在组建淮军的过程中，模仿西方军队建立了医官制度。此后，随着洋务运动的开展，国内的大城市开始陆续建立起现代医院，并采用新式的药品和医疗技术防治瘟疫。此后，大规模的瘟疫逐渐减弱。
清朝灭亡前夕，1910年年底，从西伯利亚和蒙古高原传入中国东北地区的鼠疫大规模爆发，并且短短一个多月时间，就造成了东北地区4万多人死亡。鉴于鼠疫飞速的扩散态势，清廷随后紧急任命在英国剑桥大学获得医学博士学位的广东人伍连德（1879—1960年）担任东三省防鼠疫全权总医官。