清军还未入关前，多尔衮早已经做了不少准备工作，他先是取消了诸王、贝勒在皇太极时期兼管部院事务的职权。入关后的一段时间内，多尔衮又派遣多铎、阿济格、豪格、济尔哈朗等亲王率领大批满洲贵族，轮流到各地出征。说是派他们去出征，其实是另有目的。当时，多尔衮心中只有一个念头：只要让他们远离统治中心，就不会干涉到国政。到了顺治四年（1647年）二月，多尔衮还不肯就此作罢，并以“府第逾制”的罪名，罢免了济尔哈朗辅政的权利。
顺治五年（1648年），多尔衮又设立了六部汉尚书、都察院汉都御史，提高了汉官在这些重要机构中的地位和职权。同时，多尔衮为了使汉官能够有效发挥作用，还严禁满洲贵族欺压、侮辱汉官，但凡有人违犯，就要受到相应的处罚。同年二月，豪格平定四川后，凯旋，没想到多尔衮非但没有加封他，反而立即罗织罪名，并将他逮捕下狱，后来折磨致死。因为这件事，还牵连了额亦都、费英东、杨古利等勋臣的不少子侄，使和多尔衮对立的满族贵族势力大受削弱。