《聊斋志异》所表现的另外一个重大主题，是揭露和批判科举制度的弊端。作者本人对科举原本是一往情深，极为热衷，一直都在做着“朝为田舍郎，暮登天子堂”的美梦，却屡遭现实的无情捉弄。多年的科举之路，带给他的不是梦寐以求的荣华富贵，而是一次又一次的打击和无尽的屈辱。痛苦和失意使他清醒地认识到科举制度的弊病，也促使他操起笔管，用饱含感情的语言来编织一个又一个故事，通过对科举弊端的揭露和对一些知识分子精神面貌的剖析，批判了科举制度的腐朽。作者用生动真实的事例揭露了一些考官瞒顸、徇私舞弊和嫉贤妒能的嘴脸，抨击了封建社会埋没人才的现实。《叶生》、《司文郎》、《于是恶》、《贾奉雉》、《罗刹海市》、《续黄粱》等篇，就是这一类作品。
《司文郎》写一个能用鼻子嗅出文章好坏的瞎和尚，他嗅过王生的文章之后，说：“君初法大度，虽未逼真，亦近似矣。我适受之以脾。”再嗅余杭生的文章，则咳逆数声曰：“勿再投矣！格格而不能下，强受之以膈；再焚，则作恶矣。”可是榜发以后，余杭生高中，而瞎和尚看好的王生却名落孙山。和尚闻讯感叹道：“仆虽盲于目，而不盲于鼻；帘中人并鼻盲矣！”作品构思奇巧，寓意深刻，用辛辣的语言无情地嘲讽了科举制度的虚伪。《叶生》中的叶生，虽然“文章辞赋，冠绝当时”，偏偏屡试不中，郁闷而死，为了显示自己的才华，他的鬼魂帮助一个邑令之子考中举人，“借福泽为文章吐气，使天下人知半生沦落，非战之罪也”。这则故事既暴露了科举制度的埋没人才，也反映了广大士子对此道的执迷不悟，竟达到生死系之的地步。在作者笔下，没有走上仕途的士子汲汲以求，而一旦侥幸过关者，不少人则成了贪图功名利禄的社会蛀虫，鲜有能为国家和民众出力的人。相反，作者对那些不肯向科举制度低头屈服的读书人，则给予热情的赞扬，如《贾奉雉》中的贾生，最后抱着对科举之途的失望“遁迹丘山”，表现了一些士人幻想的破灭和梦醒之后无路可走的心态。这类作品，可以说是后来吴敬梓《儒林外史》全面揭露和批判封建科举制度的先声。