朱元璋决定趁热打铁，认为“肃清沙漠，在此一举”。洪武二十年（公元1387年）朱元璋以蓝玉为征虏大将军（主帅），发动规模浩大的第六次北征。当时元昭宗已经病逝，他的弟弟（也有说是儿子）继位为帝，是为天元帝。天元帝觉得明军前不久才与纳哈出作战，粮草匮乏，不会深入北方再战，因此没有作迎敌的准备，只是将自己的老营远远迁到捕鱼儿海（今贝尔湖）之畔，每天吃好喝好，想等明军师老兵疲后主动退兵。应该说天元帝想得很好，但他忘了他的对手是蓝玉，洪武五年蓝玉曾经败于王保保之手，他做梦都想打败王保保来证明自己，虽然现在王保保已死，但蓝玉不会放弃复仇的机会，他将用北元的灭亡来证明自己的军事才能，证明他蓝玉才是如今最优秀的将领。洪武二十一年（公元1388年）四月风尘仆仆的蓝玉赶到捕鱼儿海，元军的松懈出乎他的意料，蓝玉没有多想立即对北元发起猛烈进攻，突如其来的袭击打得天元帝措手不及，除了他与长子天保奴等几十人逃脱以外，剩下的人马全部被明军俘虏，这一次北元将老底全丢光了，复兴大业再无从谈起。