几个月后，李鸿章被曾国藩举荐，接替他出任两江总督一职。而曾国藩自己则被朝廷另委任他为钦差大臣，命他专职督办扫平太平军残部一事。圣旨下来后，李鸿章亲自赶到了安庆府，去和曾国藩进行有关两江总督事宜的交接。看到李鸿章到来，曾国藩挥手屏退了所有人，甚至包括他亲弟弟曾国荃，师生二人密谈了整整一晚。
李鸿章问道：“恩师，难道真的没有回旋余地了吗？”
曾国藩摇了摇头，郑重道：“回旋的余地是有，但我不想那么做。湘军若是不按照朝廷的意思进行裁撤，只有两条路可走，一是做另一个洪秀全，二是做另一个赵匡胤，而我只想做一个鞠躬尽瘁死而后已的诸葛孔明。”
其实自从天京城被湘军攻克之后，流窜在各地的小部分太平军余孽，大部分已经自行溃散，剩下的一小步部分则入山为寇，基本已不足虑，只需要各地方进行清剿即可。让曾国藩这样一个人物督办此事，实在有些大材小用。而且太平军余孽人数虽然不多，但分散于各地山区，非常不适合大部队进行清剿。如此大动干戈地用二三十万湘军，去做此事明显不合常理。