1645年(明弘光元年,隆武元年,清顺治二年),五世达赖下令重修布达拉宫。
1648年(清顺治五年),五世达赖迫令其他教派改信黄教。
1652年(顺治九年),三月初七,五世达赖率众三千人起程,十二月十六日到达北京。
1653年(顺治十年),五世达赖二月十七日离京,途中,顺治帝派人送去册封“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”金印。十月二十四日返抵拉萨。同年,桑结甲措出生。
1655年(顺治十二年),十二月七日,固始汗病故于拉萨,终年七十三岁。其子达延汗留藏主持藏事。
1662年(康熙元年),四世班禅病故,终年九十一岁。
1665年(康熙四年),罗桑意西被确立为四世班禅的转世灵童,是为五世班禅。
1668年(康熙七年),达延汗病故。
1671年(康熙十年),达延汗之子达赖汗继位。
1674年(康熙十三年),吴三桂在云南发动政变,其子吴世璠致信五世达赖请兵援助。该信被康熙帝截获,但未加置问。