1960年5月30日, 他在莫斯科郊外彼列杰尔金诺寓所中逝世。帕斯捷尔纳克逝世后, 伊文斯卡娅同20岁的女儿伊琳娜同时被捕, 罪名是向国外传递手稿并领取巨额稿酬。实际上, 伊文斯卡娅除了在莫斯科给意大利出版商看过《日瓦戈医生》手稿外, 从未向国外传递过任何手稿, 至于稿酬则更是一戈比也未领取过。当局把对帕斯捷尔纳克的气都撒在伊文斯卡娅身上, 她被判处四年徒刑, 伊琳娜两年。赫鲁晓夫下台后, 伊文斯卡娅才被释放。她同帕斯捷尔纳克相爱了整整13年, 共同经历了人生旅途的惊风骇浪。她把这一切都写入了《回忆时间的俘虏》一书中, 书名取自帕斯捷尔纳克1956年所写的抒情诗《夜》的最后一节:“别睡, 别睡, 艺术家, /不要对睡梦屈服, /你是永恒的人质, /你是时间的俘虏。”
帕斯捷尔纳克死后27年, 1986年苏联作家协会正式为他恢复名誉, 并成立了帕斯捷尔纳克文学遗产委员会。