是冬，两粤继陷。上奔南宁，化澄率诸臣四窜，惟起恒从。始，德复疏入，化澄党日夜构，欲中以危法。客有劝起恒必去者，起恒泫然曰：“吾留此，即免祸，岂复能有所效？顾今日亦安往哉！非裴公午桥、文饶平泉时也。患难君臣，所相报者唯一死尔。伏草间以求活，吾固不能；国一日未亡，吾一日不能舍上而去。死于奸，死于敌，唯天所命耳！”胡执恭已伪造册宝，封可望秦王，惧伪露，乃密告可望曰：“严学士必不肯撰敕册，此我密请之上，自内发者，严学士固不知。”可望以是怨起恒甚。永历五年，遣其将吴将军者入见，挟兵拥行宫，猝入起恒舟，佯请与语。语竟，起，送之出，遽挥铜椎击中起恒脑，堕水死。是日，遂击杀礼科给事中吴霖以下二十余人。上闻，痛哭。出金募泅人，得起恒尸，裹以御衾，买棺葬于南宁江岸。
起恒相四年，随上播迁，上屡欲加恩，固辞不受。唯以上两宫徽号，进太子少傅。南郊，赐玉带，不服，以犀角带二品服色终。署中无长物，故衣敝舆，食不兼味。与人言，开诚尽辞，群心悦服；至其不可，则未尝以一字丐人恩泽，虽怨背不恤也。尤善理财用，在肇庆，请上亲征，立亲征库，不旬日得四万金，精甲名马盈数百。俄为夏国祥所忌，以中旨取库金入内用，事遂不行。出入群小间，内外交困，筹量挠沮。起恒遇害，国遂以亡。